Агресори можуть встановлювати прямий силовий та адміністративний контроль над місцевими релігійними інституціями, позбавляючи їх канонічної незалежності та підпорядковуючи своїм духовним центрам. Ліквідація незалежної юрисдикції дозволяє усунути авторитетні національні інституції (захоплення управління) та використовувати релігійний апарат для довгострокового нав'язування лояльності й ідеологічного закріплення окупації.
Ліквідація незалежної духовної структури на Правобережжі 1839 року: «у зв'язку з ліквідацією царатом унії в цьому регіоні (1839) монастир було закрито, а його споруди знищені»[3].
Колонізатор відбирав у чеченських священнослужителів пожертви парафіян і закривав їхні храми. Восени 1929 року в Гойтах колонізатори відбирали мечеть за невиконане «хлібне завдання» - норму здачі зерна імперії; про це говорив предводитель повстання в Шалі Шита Істамулов: «Дивіться, яке неподобство коять у Гойтах; оголосили: поки хліб не виконаєте, на цей час відберемо мечеть. Куди ж це годиться, коли в чеченського народу відбирають його останню віру…»[4]. Історики Я. З. Ахмадов і Е. Х. Хасмагомадов пишуть, що в 1929 році в Надтеречному районі «починається експеримент з відсторонення мулл від розподілу добровільних пожертв мусульман на користь бідних і духовенства — закяту» - імперія передала роздачу своїм комітетам селянської взаємодопомоги[5]. Колонізатор знищив більшу частину мечетей Чечні - лік до і після в історика К. Г. Дендієва: до російської революції в Чечні було «2675 мечетей, 60 тис. мюридів [учнів шейхів], членів різних релігійних організацій, 38 шейхів, 850 мулл і 140 духовних шкіл», - а лік середини 1937 року: «401 мечеть, не рахуючи кубових [малих квартальних]», при яких «працювали 406 мулл»[4]. Бєлов, командувач окупаційних військ Північно-Кавказького військового округу, у доповіді командування округу крайовому комітетові партії («Північно-Кавказький крайком ВКП(б)») про підсумки військової операції весни 1930 року назвав закриття мечетей за наказами колонізаторів серед причин, з яких чеченські аули піднялися зі зброєю[6].
Масове закриття та руйнування церков, а також репресії проти священнослужителів з метою повного розгрому Української автокефальної православної церкви (УАПЦ)[7].